那么微生物菌剂要如何正确使用呢？由于微生物是活的生命，并且要有足够多的量才能发挥最佳的效果。因此我们要保证微生物菌剂能活着到达发挥作用的部位，并能迅速地增殖，产生足够多的数量以发挥功效。在考虑成本的情况下，土施的产品应尽量让微生物菌剂在根际，即根系及其周围的土壤中发挥效果，能获得更好的性价比。
要做到上述几点，我们需要：尽量避免微生物受到伤害：1)施用微生物菌剂以后千万不要进行土壤消毒，否则你用来买微生物菌剂的钱全都打水漂了。土壤消毒之后施用微生物菌剂效果是很好的，具体间隔时间主要根据消毒方式及药剂的持效期确定。2)不要与石灰、草木灰等碱性物质一起施用；最后，再跟大家强调几个要点：1、使用时期要早，建议从底肥开始施用；2、使用次数要多，一个生长季至少2-3次；3、使用剂量要足，不要减量，局部施用性价比更高，推荐灌根、滴灌、穴施等方式；4、使用条件别太恶劣，避免在干旱、过度酸化、盐渍化、中午强光照等条件下施用，土壤条件不好的请配合改土措施；5、使用时搭配载体效果更好，请与腐熟有机肥等混合施用。